Sull'Isola del Destino abita Sora, un ragazzino dotato di gran cuore, con amici Kairi e Riku. Un terribile incubo lo perseguita: le ombre, conosciute come Heartless, tentano di farlo cadere in un baratro di oscurità... Gioco famoso che mescola personaggi della giapponese Square a quelli dell'americana Disney.
Sora, Paperino e Pippo proseguono il loro viaggio alla ricerca del Re e di Riku. Una notte Sora riceve la visita di un misterioso uomo vestito di nero che gli dice: "Avanti c'è qualcosa di cui hai bisogno. Ma per averlo, devi perdere qualcosa di caro"...
Kingdom Hearts II comincia un anno dopo Kingdom Hearts: Chain of Memories. Sora e i suoi compagni, Paperino e Pippo, hanno dormito un anno per riottenere i loro ricordi. Nel frattempo, Roxas, un ragazzo di Crepuscopoli, comincia a vedere gli heartless...
Alla luce degli eventi accaduti durante l’esame di Sora e Riku per diventare maestri del keyblade, Yen Sid comunica che la resa dei conti con il Maestro Xehanort, e la sua Vera Organizzazione XIII, è vicina... Capitolo finale della saga!